Resumen Pocas empresas en Colombia son innovadoras, en especial las peque­ñas y medianas empresas (Pymes), las cuales deberían ser prioridad para el gobierno porque representan un número importante, pero las políticas de innovación no han sido orientadas hacia estas. El objetivo de este artículo es establecer cuáles son los desafíos de la política de innovación colombiana frente a las Pymes. Se realizó una investigación con enfoque cualitativo de tipo descriptivo a través de una revisión documental de la normatividad relacionada, y de la aplicación de entre­vistas semi estructuradas a expertos del Sistema Nacional de Ciencia, Tecnología e Innovación (SNCTeI). Los resultados de la investigación muestran que se han implementado iniciativas gubernamentales, pero han sido diseñadas de manera general y, además, existen instrumentos que son de difícil acceso. Se concluye que los desafíos encontrados pueden enfrentarse empleando acciones en recursos, voluntad política y estrategia.