Resumen Las regalías son ingresos correspondientes a derechos que se causan a favor del Estado por la extracción de bienes naturales no renovables. Para la distribución equitativa de estos se creó en Colombia el fondo Sistema General de Regalías, que destina el 10% del presupuesto a inversiones en programas de ciencia, tecnología e innovación considerados como prioritarios por las regiones. La ejecución de los programas de regalías resulta compleja dado que en sus diversas fases de desarrollo deben concertarse múltiples actores, tales como las administraciones departamentales, municipales, el sector académico, el sector privado, las comunidades donde se ejecutarán los programas e igualmente las instancias de evaluación y supervisión de los proyectos, en especial el Departamento Nacional de Planeación y Colciencias en su función de secretaría técnica. Es en el marco de esta complejidad que se presenta en este trabajo la experiencia de la Universidad Eafit en el diseño de un modelo de Oficina de Gestión de Proyectos (PMO) y los resultados parciales de su implementación en la ejecución de dos programas financiados con regalías, que evidenciaron la necesidad de estructurar un modelo de gestión para coordinar programas que requieren un nivel mayor de seguimiento y supervisión, para asegurar la administración responsable de recursos públicos bajo el esquema del sector privado, donde se lograron establecer canales de comunicación articulados y eficientes entre los interesados, de acuerdo con sus requerimientos. Este modelo fue ajustado con base en las áreas de conocimiento y los grupos de procesos de la guía propuesta por el PMI.